El tiempo retrocede a varios días atrás, donde un hombre llamado Yomi (cuyo nombre en japonés significa "inframundo") ataca un santuario para liberar el espíritu de Mouryou, un demonio que tiempo atrás intentó conquistar al mundo y establecer su "Reinado de los Mil Años". Como no tiene un cuerpo para sobrevivir en el exterior, Yomi le ofrece l suyo como sustituto temporal hasta que puedan encontrar el cuerpo original de Mouryou.
Un misterioso grupo de Shinobis llamado Sora-nen-kun proveniente del País del Cielo quienes hacen un ataque por sorpresa a Konoha porque esta casi destruyó el País del Cielo durante la última guerra ninja, pero sobrevivió y ahora se levantan contra Konoha por venganza. El grupo comienza a atacar Konoha, causando destrucción en la aldea. Los ninjas del país del cielo salen con sus dispositivos para planear por el aire y bombardean Konoha. Amaru viene a informar a Konoha que su Aldea había sido atacada y además que busca a su sensei, que esta actualmente en Konoha, debido a que este buscaba a un Doctor para ir con él a curar a los heridos de su aldea